学校研究生教育始于1978年，是全国首批硕士学位授予单位，2006年获得博士学位授予权，2013年被认定为全国首批临床医学硕士专业学位研究生培养模式改革试点高校之一。2013年学校更名为“温州医科大学”，2015年成为浙江省人民政府、国家卫生健康委和教育部共建高校。2017年，成为浙江省重点建设高校。2023年，立项为浙江省高水平大学建设高校。

研究生教育管理机构历经多次改革：1978年由教务处统筹管理，1986年转设科研处研究生科，1999年成立研究生处，2000年更名为研究生部，2008年实行校院二级管理，2012年更名为研究生院。2024年机构改革后，研究生工作部作为党政管理机构，下设综合办公室、教育管理办公室、研究生工作办公室；研究生院作为教学机构，下设招生办公室、培养办公室、学位办公室、学科建设办公室，形成党建思政、招生选拔、培养管理、学位授予的全流程管理体系。

学校现有临床医学、基础医学、药学、生物医学工程、特种医学等5个一级学科博士点，临床医学、医学技术、口腔医学、药学等4个专业博士学位授权点，13个一级学科硕士点和9个专业硕士学位授权类别，临床医学、药学2个博士后科研流动站。15个学科进入ESI全球排名前1%，其中临床医学、药理学与毒理学进入前1‰。拥有2个全国重点实验室、1个国家工程技术研究中心、1个国家发改委工程研究中心、1个国家临床医学研究中心（眼科疾病）、2个教育部省部共建协同创新中心、1个国家药监局重点实验室、2个国家级国际科技合作基地、1个国家级中医药平台和52个省部级科研平台。

学校至今已授予博士学位700余人、硕士学位18000余人，为浙江省乃至全国输送了大批高素质医药卫生人才。截至2025年3月，在校统招研究生7584人（其中博士生634人、学术学位硕士研究生2785人，专业学位硕士研究生4165人），同等学力硕士生1040人，在职博士研究生474人，总体研究生培养规模达到9098人。

学校拥有一支高水平的研究生师资队伍，现有研究生指导教师3060人，其中博导660人，硕导2400人。

温州医科大学研究生工作部、研究生院作为统筹负责学校学位与研究生教育及学科建设工作的机构，始终秉承“仁肃勤朴、求是奋发”的校训精神，以立德树人为根本使命，深化研究生教育改革创新，稳步推进“双一流”创建，努力为健康中国建设持续输送具有创新能力和国际视野的复合型医学人才。（2025年3月）